根据软科2024年中国大学专业排名，内蒙古农业大学最厉害的三个专业是食品营养与检验教育（全国第1）、马业科学（全国第2）和智能运输工程（全国第2）。以下为详细介绍：

一、食品营养与检验教育：农牧食品领域的顶尖王牌
该专业在软科排名中位列全国第1（A+等级），是内蒙古农业大学的标志性学科。聚焦食品质量检测、营养分析与食品安全教育，培养方向紧密结合内蒙古乳业、肉制品等特色产业。毕业生主要进入质检机构、食品企业研发部门及健康教育领域，专业对口率高，区域产业需求旺盛。

二、马业科学：特色稀缺专业的全国标杆
作为全国仅少数高校开设的特色专业，内蒙古农业大学的马业科学排名全国第2（A+等级）。课程涵盖马匹繁育、驯养管理、马术运动及马医学，依托内蒙古马产业资源优势，强化实践教学。学生可从事现代马场运营、赛事管理、马文化旅游等新兴领域，就业兼具稀缺性与行业增长潜力。

三、智能运输工程：智慧交通技术的创新高地
该专业全国排名第2（A+等级），深度融合大数据、人工智能与交通运输技术。培养方向包括智能交通系统设计、物流调度优化及智慧城市交通规划，毕业生主要进入交通科技企业、轨道交通集团及政府交通管理部门。2024年山东、河北等地录取分数线达520分，反映其热门程度。

延伸问题解答：

哪些专业录取分数线最高？
电气工程及其自动化（山东520分、河北物理类热门）、计算机科学与技术（山东520分）、动物医学（四川理科536分）是近年报考热度最高的专业，反映就业市场认可度。

除三大王牌专业外，还有哪些国家级优势学科？
农业水利工程、动物医学、草业科学、水土保持与荒漠化防治入选国家级一流本科专业，农林经济管理、农业机械化及其自动化则为传统王牌。

专科层次有哪些推荐专业？
畜牧兽医（就业面向规模化养殖企业）、畜牧兽医（宠物医疗技术方向）、现代物流管理是专科中实操性强、就业率突出的专业。